Phân tích transcriptomic để tìm kiếm nguồn gen điều khiển chống chịu mặn gia đoạn hạt nẩy mầm của cây lúa
Nguồn: Xiao Han, Zhihai Wu, Fangbiao Liu, Yu Wang, Xiaoshuang Wei, Ping Tian, Fenglou Ling. 2023. Transcriptomic Analysis and Salt-Tolerance Gene Mining during Rice Germination. Genes (Basel); 2023 Jul 29; 14(8):1556. doi: 10.3390/genes14081556.
Stress mặn là yếu tố ngoại cảnh quan trọng ảnh hưởng đến tăng trưởng và phát triển cây trồng. Một trong những cách thức chủ yếu để cải tiến tính chống chịu mặn của cây lúa là xác định được những gen chịu mặn mới có những cơ chế rõ ràng, rồi áp dụng chúng để sáng tạo ra nguồn vật liệu mới phục vụ cho nội dung chọn tạo giống lúa. Trong nghiên cứu này, Giống nhiễm mặn thuộc loại hình japonica, Tong 35 (T35) và giống chống chịu mặn japonica là Ji Nongda 709 (JND709) được sử dụng. Nghiệm thức xử lý mặn: dung dịch 150 mmol/L NaCl (nhóm đối chứng được thử nghiệm không có mặn đồng thời) được tiến hành liên tục cho đến khi vật liệu thí nghiệm được thu thập mẫu khi lúa đã nẩy mầm rồi. Mười ha “cDNA libraries” được tạo ra, 5 “comparator groups” được thiết kế phục vụ kết quả chạy “transcriptome sequencing”. Tính trung bình, 9,57G của dữ liệu thô trình tự DNA được hình thành trên mỗi mẫu thí nghiệm, với so sánh trình tự tham chiếu (reference alignment) đạt trên 96,88%; riêng nối CG chiếm hơn 53,86%. Tổng số gen DEGs là 16.829 (differentially expressed genes) hiện hữu trong 5 nhóm so sánh, Theo đó, có 2390 gen biểu hiện đặc biệt trong mẫu giống lúa T35 (category 1), 3306 gen biểu hiện đặc biệt trong giống lúa JND709 (category 2), và 1708 gen biểu hiện đặc biệt trong cả hai (category 3). Gen DEGs được khống chế đối với GO (gene ontology), phân tích chức năng phong phú (functional enrichment analysis), và phân tích chu trình “Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes” (KEGG), kết quả cho thấy những gen này thuộc về 3 classes chủ lực: chức năng phân tử, thành phần tế bào, và tiến trình sinh học. Kết quả phân tích “KEGG pathway” cho thấy các chu trình này có ý nghĩa đáng kể đối với những DFGs nói trên bao gồm sinh tổng hợp phenylpropane, truyền tín hiệu của phytohormone, và tương tác giữa cây lúa với những pathogens gây bệnh. Như ve65y, kết quả đã cung cấp tư liệu tham khảo về nghiên cứu cơ chế phân tử làm rõ hơn tính chống chịu mặn của cây lúa ở giai đoạn hạt nẩy mầm.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét