Bộ chỉ thị phân tử cực lớn “1K-core” phục vụ quản lý nguồn gen hoang dại và tạo vật liệu ban đầu cho cải tiến giống lúa từ nguồn lúa hoang

 Bộ chỉ thị phân tử cực lớn “1K-core” phục vụ quản lý nguồn gen hoang dại và tạo vật liệu ban đầu cho cải tiến giống lúa từ nguồn lúa hoang

Nguồn: Debashree Dalai, Dipti Ranjan Pani, Swayamsiddha Aswita Dhal, Motilal Behera, Tapan Kumar Mondal, Muhammad Azaharudheen TP, Joshitha Vijayan, Deepa Sarkar, Pallavi Ghose, Abhijeet Roy, Kutubuddin A Molla, Anilkumar C, Lotan Kumar Bose, Trilochan Mohapatra, Soham Ray, Meera Kumari Kar & Mridul Chakraborti. 2026. A robust 1K-core marker set for wild germplasm management and targeted pre-breeding of rice: development and applications. TAG; January 3 2026; vol. 139; article 23

Bộ chỉ thị phân tử STMS (sequence tagged microsatellite sites) phục vụ cho nghiên cứu Oryza sativa complex đã được phát triển, được minh chứng và được sử dụng phục vụ pre-breding cũng như định tính ngân hàng chi Oryza từ những taxa khác nhau.  

Phát triển có tính chất toàn bộ hệ gen (genome-wide) những markers chuyển giao chéo đã được phân phối; kết quả này ứng dụng cho nhiều loài khác; có thể tăng cường hiệu qua nguồn vật liệu pre-breeding. Sàng lọc tất cả 23.5K primer pairs thông qua chín hệ gen tham chiếu đã xác định được 1.008 chỉ thị STMS có khả năng khuếch đại, bao gồm 520 genic ones, đối với Oryza sativa complex.

Độ dài khuếch đại dự đoán của những markers này được làm rõ thông qua PCR. Bên cạnh đó, có 3.628–13.280 markers được người ta xác định phục vụ từng loài riêng biệt. Hầu hết markers có tính chất cross-amplifiable đều có tính chất syntenic trong genome AA. Tuy nhiên, sự chuyển vị có tính chất intra- và inter-chromosomal (giữa và trong nhiễm sắc thể) đã dược tìm thấy trong loài hoang dại O. longistaminata, O. nivara, và O. meridionalis so với loài có genome AA khác cũng như các subspecies. Chú ý, bốn markers biểu hiện sự chuyển vị giữa các nhiễm sắc thể trái ngược nhau, giữa 3 loài  genome AA ở châu Á và 5 loài lúa hoang khác của châu Phi,  Nam Mỹ, châu Úc. Trong bộ chỉ thị “1K cross-amplifiable core markers”, có 629 STMS loci có tính chất syntenic được người ta xem như là kết quả của “cross-transferable” giữa những loài genome AA, có 3 markers cho thấy độ dài khuếch đại khác biệt nhau rõ ràng giữa loài khác nhau. Bên cạnh đó, có 42 markers được dự đoán là “cross-amplifiable” giữa O. sativa complex, O. punctata, và O. coarctata. Sự khuếch đại giao thoa ấy trên cơ sở chạy PCR của markers trong 21 loài của chi Oryza biểu thị chiều dài khuếch đại có tính chất “hyper-variable”, cho dù bản chất synteny của chúng có thể chưa được khẳng định. Những markers của genome AA, giữa những loài lúa hoang biểu thị markers có tính chất “combination-wise” (kết hợp khôn ngoan), cung cấp một nguồn genomic đáng tin cậy phục vụ phát triển các dòng lúa CSSLs (chromosome segment substitution lines), bản đồ di truyền, và du nhập tính trạng đa dạng từ loài lúa hoang sang loài lúa trồng, kể cà O. sativa, O. glaberrima, và giống lúa mới phục vụ châu Phi (NERICA). Những markers được chọn ấy được sử dụng để phát triển quần thể con lai CSSLs du nhập tính trạng của lúa hoang O. rufipogon vào nền di truyền lúa trồng O. sativa.

Xem https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-025-05133-1