Toàn cảnh phiên mã theo không gian và thời gian các tế bào phôi trong tiến trình hạt lúa nẩy mầm
Nguồn: Jie Yao, Qinjie Chu, Xing Guo, Wenwen Shao, Nianmin Shang, Kang Luo, Xiaohan Li, Hongyu Chen, Qing Cheng, Fangyu Mo, Dihuai Zheng, Fan Xu, Fu Guo, Qian-Hao Zhu, Shuiguang Deng, Chengcai Chu, Xun Xu, Huan Liu, Longjiang Fan. 2024. Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination. Dev Cell; 2024 Sep 9; 59(17):2320-2332.e5. doi: 10.1016/j.devcel.2024.05.016.
Đặc điểm của tế bào trong tiến trình nẩy mầm hạt thóc là kiến thức rất cần thiết để hiểu chức năng sinh học vô cùng phức tạp của tế bào phôi khác nhau khi điều tiết cường lực hạt giống và sự hình thành cây mạ non. Người ta tiến hành hoàn chỉnh giải pháp theo không gian thông qua “omics sequencing” (trình tự của genome và transcriptome): gọi là Stereo-seq; thông qua trình tự của “single-cell RNA” gọi là scRNA-seq để ghi nhận lại transcriptomes đơn bào của phôi lúa khi nẩy nầm. Mô phỏng có tính chất phân đoạn tế bào tự động, sử dụng “deep learning”, được người ta phát triển nhằm đáp ứng được yêu cầu khi phân tích. Những transcriptomes có tính chất không gian ấy được xử lý hấp thụ (imbibition) sau 6, 24, 36, và 48 giờ công bố, với cả hai loại hình tế bào phôi được biết rõ và chưa biết rõ (chưa được báo cáo trước đây), đó là, 2 loại hình “scutellum cell” chưa biết, được chứng thực bởi kết quả “in situ hybridization” và kết quả khai thác chức năng của “marker genes”. Cón phổ biều biện “transcriptomics” theo thời gian đã khoanh vùng được động thái biểu hiện gen đích trong các loại hình tế bào phôi khác nhau khi hạt tiến hành nẩy mầm, phác họa những gen chủ chốt nào có trong cơ chế biến dưỡng của dưỡng chất, trong sinh tổng hợp, và trong sự truyền tín hiệu các phytohormones, đã tái lập trình theo tính chất rất riêng của loại tế bào. Kết quả cung cấp hệ thống transcriptome chi tiết theo không gian và thời gian của phôi hạt thóc và cho thấy phương pháp luận chưa có trước đây để khai thác vai trò của tế bào phôi khác nhau khi hạt thóc nẩy mầm.
Không có nhận xét nào:
Đăng nhận xét