Di truyền tính chống chịu ngập của lúa và Arabidopsis

 Di truyền tính chống chịu ngập của lúa và Arabidopsis

Nguồn: Keita Tamura and Hidemasa Bono. 2022. Meta-Analysis of RNA Sequencing Data of Arabidopsis and Rice under Hypoxia. Life 2022, 12(7), 1079; https://doi.org/10.3390/life12071079 (published 19 July 2022)

 

Hiện tượng thiếu ô xy do ngập trong nước “Hypoxia” là một stress phi sinh học của thực vật. Kết quả ngập lũ có từ biến đổi khí hậu mà mối đe dọa chủ yếu cho cây trồng làm tăng xác suất rủi ro của “hypoxic stress”. Những cơ chế phân tử ấy giải thích hiện tượng “hypoxia” của cây xanh đã được làm rõ hơn trong mấy năm gần đây, nhưng các gen mới có liên quan đến stress như vậy vẫn còn chưa có thông tin mới. Bài viết này, các tác giả nhằm mục đích hoàn thiện phương pháp meta-analysis of the RNA sequencing viết tắt là RNA-Seq, cơ sở dữ liệu của cây Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) và cây lúa (Oryza sativa) trong nghiệm thức hypoxia. Người ta thu thập được 29 cặp “RNA-Seq data” của Arabidopsis và 26 cặp trong cây lúa bao gồm nghiệm thức xử lý hypoxic (ngập: submergence) và nghiệm thức normoxic (nghiệm thức đối chứng); sau đó ly trích những gen thường điều tiết theo kiểu “up” hoặc kiểu “down” trong thí nghiệm. Kết quả “meta-analysis” cho thấy 40 gen thuộc “up” và 19 gen thuộc kiểu “down”, trong hai loài thực vật này. Nhiều yếu tố phiên mã WRKY và enzyme cinnamate-4-hydroxylase được điều tiết theo kiểu “up”, nhưng chúng có trong hiện tượng hypoxia như thế nào vẫn còn chưa rõ. Kết quả meta-analysis xác định được những gen ứng cử viên đối với các cơ chế phân tử mới xảy ra trong thực vật, dưới nghiệm thức hypoxia.

Xem https://www.mdpi.com/2075-1729/12/7/1079