Chủ Nhật, 4 tháng 8, 2024

Chỉnh sự hệ gen cây lúa thông qua CRISPR/Cas12i3

 Chỉnh sự hệ gen cây lúa thông qua CRISPR/Cas12i3

Nguồn: Ping LvFei SuFangyuan Chen;, Chunxue YanDandan XiaHui SunShanshan LiZhiqiang DuanChangle MaHui ZhangMugui WangXiaomu NiuJian-Kang ZhuJinshan Zhang. 2024. Genome editing in rice using CRISPR/Cas12i3. Plant Biotechnol J.; 2024 Feb; 22(2):379-385. doi: 10.1111/pbi.14192.

 

Hệ thống CRISPR/Cas type V-I là họ của hệ thống nuclease có thể lập trình mà nó ưa thích một PAM ưa thích (T-rich protospacer adjacent motif) và được hướng dẫn bởi một phân tử crRNA ngắn. Theo đó, việc ứng dụng chỉnh sửa gen của Cas12i3, một loại hình của họ V-I “endonuclease”, được định tính trong cây lúa. Người ta phát triển một hệ thống iMAGE trên cơ sở CRIPSR/Cas12i3 (Multiplex direct repeats (DR)-spacer Array Genome Editing)

 

Hệ thống ấy hiệu quả trong chỉnh sửa nhiều gen trong cây lúa. Lý thú là iMAGE sản sinh ra nhiều biến thể cấu trúc nhiễm thể với một tần suất cao hơn hệ thống CRISPR/Cas9. Bên cạnh đó, tác giả đã phát triển được base editors thông qua Cas12i3 bị vô hiệu hóa và tạo ra cây lúa kháng thuốc cỏ thông qua base editors ấy. Hệ thống CRIPSR/Cas12i3-based genome editing sẽ tạo điều kiện thuận lợi cho cải tiến giống phân tử  của cây trồng.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37822083/

Mô phỏng thời gian thực về sự ấm lên của trái đất tác động đến phản ứng hiện tượng và suy giảm phẩm chất gạo

 Mô phỏng thời gian thực về sự ấm lên của trái đất tác động đến phản ứng hiện tượng và suy giảm phẩm chất gạo

Nguồn: Hironori ItohHiroto YamashitaKaede C. Wada, and Jun-ichi Yonemaru. 2024. Real-time emulation of future global warming reveals realistic impacts on the phenological response and quality deterioration in rice. PNAS, May 13, 2024; 121 (21) e2316497121

 

Phát triển cây trồng có khả năng chịu được khí hậu cực đoan rất quan trọng trong nông nghiệp bền vững và đảm bảo an ninh lương thực. Theo nghiên cứu này, người ta tiến hành mô hình hóa sự ấm lên của trái đất cực đoan trong phòng tăng trưởng nhân tạo, cho thấy sự tiến bộ đáng kể trong vòng đời của cây lúa và sự suy giảm đáng chú ý của phẩm chất hạt gạo đới với giống cao sản japonica trồng vùng ôn đới. Khi đánh giá của chúng ta bị hạn chế đối với bất cứ giống japonica ôn đới nào, thì kết quả này nhấn mạnh được giá trị của mô phỏng toán học, môi trường ấm lên trái đất cực đoan được quan sát ít, để có sự hiểu biết đầy đủ tác động của chúng trong canh tác lúa. Mở rộng cách tiếp cận này đối với những giống lúa đa dạng khác nữa và các vùng canh tác khác nhau sẽ mang lại cái nhìn thực tế hơn về tác động ấm lên của trái đất đối với sản lượng thóc gạo.

 

Sản lượng cây trồng giảm bởi biến đổi khí hậu đã và đang được dự đoán một cách khoa học. Khi cây trồng chịu được khí hậu là yếu tố cần thiết để đảm bảo an ninh lương thực và phát triển nông nghiệp bền vững, nhưng việc dự đoán được tăng trưởng cây trồng trong điều kiện trái đất ấm lên vẫn là thách thức. Do đó, người ta tiến hành nghiên cứu này nhằm mục đích  đánh giá lại tác động của điều kiện nóng lên trên toàn cầu một cách thực tế đối với canh tác lúa. Người ta đã phát triển một nền tảng đánh giá cây trồng, đệ trình môi trường mô phỏng nông nghiệp AE (agro-environment), chúng phát sinh ra ngoại cảnh khác nhau bởi thực hiện phức hợp bao gồm các  biến động tự nhiên của ngoại cảnh, trong buồng nuôi cấy nhân tạo hoàn toàn. Người ta khẳng định rằng phản ứng ngoại cảnh của cây lúa chấp nhận sự thay đổi môi trường nhân tạo  giống với những gì đang diễn biến trong thiên nhiên thông qua minh chứng “AE emulator” (đệ trình AE) sử dụng dữ liệu khí tượng có sẵn công khai ở cùng một địa điểm và nhiều địa điểm khác nhau trong cùng một năm. Trên cơ sở lộ trình tập trung có tính đại diện, mô phỏng thời gia thực (real-time emulation) của sự ấm lên trái đất cực đoan ghi nhận những tiến bộ ấn tượng trong chu kỳ sống của cây lúa, đó là năng suất giảm 35% và tăng 85% phẩm chất kém, cao hơn những dự báo gần đây. Chuyển động hệ transcriptome cho thấy rằng khi nhiệt độ tăng lên và hàm lượng  CO2 cùng tác động làm thay đổi sự biểu hiện nhiều gen khác nhau và làm tăng cường sự kích thích trổ bông, thích nghi với stress nóng, và các gen phản ứng với CO2. Sự ấm lên trái đất cực đoán này được dự đoán sẽ làm thay đổi sự thích nghi ngoại cảnh của cây lúa và tác động tiêu cực đến sản lượng thóc. Kết quả cung cấp các ứng dụng của môi trường nhân tạo và những hiểu biết sâu sắc nhằm nâng cao khả năng của giống lúa và biện pháp canh tác trong tương lai.

 

Xem https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2316497121

OsSCYL2 điều tiết tín hiệu di truyền ABA trong sự nẩy mầm của cây lúa

 OsSCYL2 điều tiết tín hiệu di truyền ABA trong sự nẩy mầm của cây lúa

Nguồn: Minyan XuWei ZhangYuhuan JiaoQing YangMeng ChenHu ChengBeijiu ChengXin Zhang. 2024. OsSCYL2 is Involved in Regulating ABA Signaling-Mediated Seed Germination in Rice. Plants (Basel); 2024 Apr 12; 13(8):1088. doi: 10.3390/plants13081088.

 

Sự nẩy mầm hạt lúa là kết quả của tiến trình sinh học đa dạng bị ảnh hưởng bởi các yếu tố bên trong và bên ngoài khác nhau. Nghiên cứu tiến hành xem xét vai trò điều tiết của gen OsSCYL2, được người ta xác định là một facilitator (nhân tố điều hành) sự nẩy mầm hạt lúa. Chú ý, cơ chế điều hành biểu hiện mạnh mẽ gen OsSCYL2 trong hạt vượt trội hơn đối tác nguyên thủy, cho thấy tiềm năng của gen OsSCYL2 làm tăng cường tiến trình phát triển. Thêm vào đó, kết qủa qRT-PCR khẳng định gen OsSCYL2 biểu hiện thông qua tiến trình nẩy mầm của lúa. Xử lý ABA ngoại sinh lên hạt và cây mạ non nhấn mạnh được sự nhạy cảm của OsSCYL2 đối với ABA trong suốt tiến trình nẩy mầm từ khi bắt đầu đến sau khi nẩy mầm. Phổ biểu hiện transcriptomic  khi biểu hiện mạnh mẽ gen OsSCYL2 cho thấy những thay đổi sâu sắc trong các lộ trình biến dưỡng, dòng thác truyền tín hiệu MAPK, và lộ trinh truyền tín hiệu  qua trung gian phytohormone, với 15 gen có liên quan đến lộ trình ABA với những thay đổi biểu hiện có có ý nghĩa. Xét nghiệm bổ sung in vivo  in vitro cho thấy có tương tác vật lý giữa OsSCYL2  TOR, qua đó hàm ý OsSCYL2 có trong module âm tính của các gen co chức năng ABA, kết quả dẫn đến sự tác động hậu quả của động thái hạt nẩy mầm. Nghiên cứu làm rõ kiến thức mới về chức năng của OsSCYL2 trong điều tiết tiến hình hạt lúa nẩy mầm thông qua mô hình hóa lộ trình truyền tín hiệu ABA, do đó, làm tăng cường hiểu biết ý nghĩa chức năng của họ protein SCYL trong sinh lý cây trồng.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38674497/

 

Phân tích tin sinh học OsSCYL2.

(A) phân tích kiến trúc protein OsSCYL2.

(B) Phân tích cis-elements trong vùng promoter của gen OsSCYL2.

(C) Phổ biểu hiện heatmap của OsSCYL2 trong các nghiệm thức khác nhau

GWAS và dự đoán di truyền tính kháng rầy nâu trên lúa

 GWAS và dự đoán di truyền tính kháng rầy nâu trên lúa

Nguồn: Cong ZhouWeihua JiangJianping GuoLili ZhuLijiang LiuShengyi LiuRongzhi ChenBo DuJin Huang. 2024. Genome-wide association study and genomic prediction for resistance to brown planthopper in rice. Front Plant Sci.; 2024 Mar 21: 15:1373081.doi: 10.3389/fpls.2024.1373081.

 

Rầy nâu (BPH) là đối tượng dịch hại nghiêm trọng cho sản xuất lúa trên toàn thế giới. Phát triển giống lúa kháng rầy mang mang kháng BPH là nội dung quan trọng. Trong nghiên cứu này, người ta tiến hành đánh giá tính kháng của tập đoàn căn bản bao gồm 502 mẫu giống với thang điểm chuẩn, tăng  khối lượng cơ thể (weight gain rates) và dịch bài tiết (honeydew excretions). Có tất cả 117 giống lúa kháng (23.31%). Genome-wide association studies (GWAS) được tthực hiện trên tập đoàn 50 giống lúa và loài phụ, có 6 loci liên kết có ý nghĩa với thang điểm kháng (P value < 1.0e-8). Trong các loci như vậyse loci, người ta xác định được 8 gen ứng cử viên mã hóa receptor-like protein kinase (RLK), nucleotide-binding  leucine-rich repeat (NB-LRR), hoặc LRR proteins. Hai loci chưa được tìm thấy trong kết quả trước đó, hoàn toàn mới. Người ta đánh giá được khả năng dự đoán qua sàng lọc di truyền (genomic selection) của tính kháng BPH. Kết quả cho thấy mức độ chính xác cao nhất của tính kháng BPH là 0.633. Như kỳ vọng, mức độ chính xác dự đoán cùng tiến theo số lượng chỉ thị phân tử SNPs, Một array có 6.7K SNPs tăng chính xác có thể so sánh được với bộ 268K SNPs. Theo mô phỏng toán thống kê ứng dụng, random forest model biểu hiện mức chính xác dự đoán cao nhất. Bên cạnh, gia tăng số quần thể “training” cũng cải tiến được độ chính xác dự đoán; tuy nhiên, không khác biệt có ý nghĩa giữa training population của 737 và 1179. Khi có quan hệ di truyền quá gần giữa quần thể training và quần thể validation, mức độ chính xác cao hơn được ghi nhận với những kịch bản theo khoảng cách di truyền. Kết quả ghi nhận nhiều gen ứng cử viên kháng rầy và nguồn vật liệu bố mẹ, rất hữu ích cho ứng dụng genomic selection (sàng lọc di truyền) phục vụ cải tiến giống lúa cao sản kháng rầy nâu.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38576786/

 

Hình 4. Manhattan plot và Quantile-Quantile (QQ) plot của tính kháng rầy nâu trong 502 giống lúa (A), indica (B), japonica (C) và circum-aus (D). Mật độ chỉ thị SNPs được đánh dấu dưới nhiễm sắc thể. The p-value threshold for significance is 1.0×10-8.

Phổ biểu hiện có tính chất polyadenyl hóa giống lúa kháng và nhiễm bệnh bạc lá thông qua kỹ thuật RNA-seq

 Phổ biểu hiện có tính chất polyadenyl hóa giống lúa kháng và nhiễm bệnh bạc lá thông qua kỹ thuật RNA-seq

Nguồn: Shaochun LiuShuqi LuoDewei YangJunying HuangXinlei JiangShangwei YuJunru FuDahu ZhouXiaorong ChenHaohua HeHaihui Fu. 2024. Alternative polyadenylation profiles of susceptible and resistant rice (Oryza sativa L.) in response to bacterial leaf blight using RNA-seq. BMC Plant Biol.; 2024 Feb 28; 24(1):145. doi: 10.1186/s12870-024-04839-6.

 

Hiện tượng polydenyl hóa xen kẽ APA (alternative polyadenylation) là kiến thức quan trọng trong điều tiết hậu phiên mã của gen đích rất phổ biết trong sinh vật eukaryotes, bao gồm các tiến trình sinh lý và phát sinh bệnh của thực vật. Tuy nhiên, chưa có nhiều nghiên cứu về vai trò của APA profile của bệnh bạc lá lúa.

 

Ngưởi ta tiến hành so sánh APA profile của giống lúa nhiễm bệnh bạc lá (CT 9737-613P-M) và giống lúa kháng bệnh (NSIC RC154) thông qua xử lý chủng dịch vi khuẩn theo phương pháp cắt lá. THông qua phân tích “gene enrichment” (mức độ phong phú của gen), người ta thấy rằng các gen của hai giống lúa này biểu hiện có tính chất điển hình tại distal poly(A) (PA) sites mà ở đó chúng có vai trò khác biệt nhau hình thành hai nhóm giống lúa, cho thấy tính chất của cơ chế APA regulatory khác biệt theo chủng nòi. Theo tiến trình như vậy, nhiều gen kháng bệnh biểu hiện nhiều phân tử transcripts thông qua APA. Hơn nữa, có 5 yếu tố polyadenylation của các hợp phần biểu thị giống nhau trong cây lúa, cho biết vai trò cực trọng của 5 yếu tố như vậy phản ứng với bệnh bạc lá theo sự đa dạng của locus PA.

 

Chú ý, đây là nghiên cứu đầu tiên về thay đổi động thái học của APA trong cây lúa phản ứng sớm với stress sinh học này và đề ra một giả thuyết chức năng (possible functional conjecture) của APA trong phản ứng miễn dịch thực vật, đặt nền tảng lý thuyết trong xác định vai trò của sự kiện APA lhi cây phản ứng với stress và các tiến trình sinh học khác.

 

Xem https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10900630/

Từ hoang dã đến thuần hóa: Các nhà khoa học tiết lộ 100.000 năm tiến hóa liên tục của cây lúa

 Từ hoang dã đến thuần hóa: Các nhà khoa học tiết lộ 100.000 năm tiến hóa liên tục của cây lúa

 

Theo một nghiên cứu được công bố trên Science, các nhà nghiên cứu đã sử dụng phân tích phytolith và các phương pháp khác để tiết lộ lịch sử tiến hóa liên tục của cây lúa từ hoang dã đến thuần hóa trong khoảng thời gian đáng kinh ngạc là 100.000 năm, cung cấp bằng chứng mới để hiểu sự phát triển của xã hội loài người và nguồn gốc của loài người, nền văn minh nông nghiệp, và khẳng định Trung Quốc là nơi sản sinh ra cây lúa (Oryza sativa).

 

Nghiên cứu được thực hiện tại khu vực văn hóa Shangshan của Chiết Giang bởi một nhóm nghiên cứu chung từ Viện Địa chất và Địa vật lý của Viện Hàn lâm Khoa học Trung Quốc (IGGCAS), Viện Di tích Văn hóa và Khảo cổ học tỉnh Chiết Giang, Đại học Lâm Nghi, Trung tâm Hành chính của Shangshan Site và các chuyên gia từ 13 tổ chức trên toàn quốc nhấn mạnh tầm quan trọng của văn hóa Shangshan trong nguồn gốc của nền nông nghiệp toàn cầu.

 

Nguồn gốc của nông nghiệp đánh dấu bước ngoặt quan trọng của xã hội loài người, chuyển từ nền kinh tế săn bắt hái lượm sang nền kinh tế sản xuất nông nghiệp. Gạo, là lương thực chính của một nửa dân số thế giới, đã có tác động sâu sắc đến sự hình thành và phát triển của nền văn minh Trung Quốc thông qua việc trồng trọt và thuần hóa.

 

Các câu hỏi được đặc ra là khi nào con người bắt đầu khám phá lúa hoang và quá trình thuần hóa lúa hoang diễn ra như thế nào, từ lâu đã là trọng tâm của nhiều ngành khác nhau.

 

Trong thế kỷ qua, việc nghiên cứu về nguồn gốc cây lúa là một chủ đề gây tranh cãi. Mãi cho đến khi phát hiện ra bằng chứng khảo cổ liên quan đến cây lúa bắt đầu từ những năm 1970 tại các địa điểm như Hemudu, Shangshan và các địa điểm khác ở trung và hạ lưu sông Dương Tử, cộng đồng khoa học quốc tế mới bắt đầu công nhận khu vực này là một khu vực quan trọng. khu vực xuất xứ của cây lúa.

 

Tuy nhiên, việc tìm ra các đặc điểm nhận dạng được bảo tồn lâu dài có thể phân biệt lúa hoang và lúa thuần hóa ở lưu vực sông Dương Tử kể từ kỷ băng hà cuối cùng cũng như khám phá các quy trình và cơ chế thu thập và thuần hóa lúa hoang của con người vẫn là những thách thức chính trong nghiên cứu này.

 

Trong nghiên cứu này, một nhóm nghiên cứu do tiến sỹ Lyu Houyuan của IGGCAS dẫn đầu đã xây dựng dựa trên nhiều năm nghiên cứu có hệ thống về phytolith trong đất và cây lúa hoang dã và thuần hóa hiện đại. Các nhà nghiên cứu làm rõ rằng sự gia tăng số lượng các khía cạnh vảy cá trên Phytolith dạng bulliform lúa có tương quan với việc nâng cao khả năng thuần hóa và các đặc tính nông học.

 

Bằng cách thiết lập ngưỡng phân biệt lúa hoang với lúa thuần hóa dựa trên tỷ lệ phytolith dạng bulliform với các khía cạnh vảy cá, họ đặt ra các tiêu chuẩn để xác định lúa hoang và lúa thuần hóa.

 

Mô hình khái niệm từ lúa hoang đến thuần hóa từ 30 kyr BP ở vùng hạ lưu sông Dương Tử. Hình ảnh: Zhang Jianping.

 

Các nhà nghiên cứu đã sử dụng phân tích phytolith kết hợp với phấn hoa, than củi, vi cấu trúc đất, kích thước hạt, độ nhạy từ, khảo sát địa mạo, phân tích mật độ xác suất 14C của các địa điểm khảo cổ và khai quật khảo cổ để tiến hành nghiên cứu có hệ thống về địa tầng khảo cổ và hồ sơ tự nhiên của địa điểm Shangshan ở huyện Pujiang và địa điểm Hehuashan ở huyện Longyou, Chiết Giang.

 

Sử dụng các mô hình Bayes về độ tuổi phát quang được kích thích quang học có độ chính xác cao và độ tuổi phytolith 14C từ các địa điểm này, họ đã thiết lập một trình tự thời gian liên tục có niên đại khoảng 100.000 năm. Phân tích có hệ thống các mẫu từ các chuỗi địa tầng này cho thấy quỹ đạo liên tục của cây lúa từ hoang dã đến thuần hóa trong địa tầng của khu vực di tích văn hóa Thượng Sơn và mối quan hệ của nó với hoạt động của con người và biến đổi khí hậu.

 

Các nhà nghiên cứu cho rằng lúa hoang đã phổ biến rộng rãi ở vùng hạ lưu sông Dương Tử khoảng 100.000 năm trước, tạo tiền đề cho việc sử dụng và thuần hóa lúa sau này. Khoảng 24.000 năm trước, khi khí hậu bắt đầu bước vào Kỷ băng hà cuối cùng, con người bắt đầu thu thập và sử dụng lúa hoang, cho thấy nỗ lực khám phá các nguồn thực phẩm mới để ứng phó với khí hậu mát mẻ hơn. Khoảng 13.000 năm trước, con người bắt đầu thuần hóa lúa hoang. Khoảng 11.000 năm trước, tỷ lệ phytolith của lúa được thuần hóa tăng lên nhanh chóng, đạt đến ngưỡng thuần hóa và đánh dấu nguồn gốc của nền nông nghiệp trồng lúa ở Đông Á.

 

Nghiên cứu này chứng minh rằng nguồn gốc của nông nghiệp trồng lúa ở Đông Á và nông nghiệp lúa mì ở Tây Nam Á là đồng bộ, đánh dấu một cột mốc quan trọng trong sự phát triển của con người và giúp chúng ta hiểu sâu hơn về nguồn gốc nông nghiệp toàn cầu.

 

Bằng chứng liên tục 100.000 năm từ sự phân bố lúa hoang đến quá trình thuần hóa cuối cùng của nó tại khu văn hóa Shangshan cho thấy mối quan hệ phức tạp giữa lúa gạo, khí hậu, hoạt động của con người và phát triển văn hóa. Nó cũng nêu bật quá trình thuần hóa lúa gạo kéo dài.

 

Công trình này có ý nghĩa quan trọng đối với sự hiểu biết của chúng ta về sự phát triển xã hội loài người, nguồn gốc của nền văn minh nông nghiệp và tầm quan trọng của văn hóa Shangshan.

 

Lê Thị Kim Loan theo Phys.org

GWAS mô phỏng tính trạng phẩm chất hạt gạo biểu hiện bên ngoài

 GWAS mô phỏng tính trạng phẩm chất hạt gạo biểu hiện bên ngoài

Nguồn: Supriya SachdevaRakesh SinghAvantika MauryaVikas Kumar SinghUma Maheshwar SinghArvind KumarGyanendra Pratap Singh. 2024. Multi-model genome-wide association studies for appearance quality in rice. Front Plant Sci.; 2024 Jan 11: 14:1304388. doi: 10.3389/fpls.2023.1304388. 

 

Cải tiến phẩm chất tính trạng biểu hiện bên ngoài của hạt gạo rất quan trọng quyết định sự chấp nhận của thị trường. Dò tìm các gen có liên quan đến tính trạng phẩm chất ấy đã và đang được thực hiện nhằm phát triển phương pháp chọn giống hiệu quả trong cây lúa. Theo thí nghiệm này, có hai SL-GWAS (CMLM và MLM), ba ML-GWAS (FASTmrEMMA, mrMLM, và FASTmrMLM) genome-wide association studies được thực hiện trong một subset của 3K-RGP bao gồm 198 mẫu giống lúa với 553.831 chỉ thị phân tử SNP. Có tổng cộng 594 SNP markers được xác định theo mô phỏng tóa “mixed linear model” đối với các tính trạng phẩm chất hạt. Bên cạnh đó, người ta tìm thấy 70 quantitative trait nucleotides (QTNs) thông qua kết quả ML-GWAS chúng rất gắn kết với tính trạng mùi thơm của hạt (AR), tỷ lệ gạo nguyên (HRR: head rice recovery), và tỷ lệ gạo bạc bụng (PGC, %). Có 39 QTNs được xác định thông qua single- and multi-locus GWAS. Trong số 39 QTNs có liên quan, người ta tìm ra 20 QTNs mới được phân lập từ ba tính trạng liên quan đến phẩm chất hạt. Theo giải trình di truyền (annotation) và kết quả trước đây, có 4 gen ứng cử viên (LOC_Os01g66110LOC_Os01g66140LOC_Os07g44910, và LOC_Os02g14120) được tìm thấy  có ảnh hưởng đến tính trạng mùi thơm AR, tỷ lệ gạo nguyên HRR (%), và tỷ lệ gạo bạc bụng PGC (%), tất cả có thể sử dụng trong chọn tạo giống lúa cao sản phẩm chất gạo tốt.

 

Xem https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38273959/

 

GWAS đối với tính trạng phẩm chất hạt gạo của các mẫu giống lúa trong tập đoàn. Giản đồ Manhattan và Quantile-Quantile dẫn xuất thông qua mrMLM, FASTmrMLM, và FASTmeEMMA mô tả sự phân bố của QTNs trên 12 nhiễm sắc thể cây lúa đối với mùi thơm hạt gạo (AR), tỷ lệ gạo nguyên HRR (%), phần trăm hạt bạc bụng PGC (%). Các chấm màu hồng là những QTNs trên bản đồ di truyền qua nhiều hơn một phương pháp GWAS, trong khi đó, tất cả QTNs xác định bởi một phương pháp biểu thị bằng màu nhạt hơn bên trên đường thẳng màu xám. Các gen được biết quanh những QTNs được đánh dấu màu đỏ, gen ứng cử viê giả định xung quanh QTNs được đánh dấu màu xanh blue đậm.